In der EU sind keine gentechnisch veränderte Mikroorganismen für die Lebensmittelverarbeitung zugelassen und dürfen somit auch nicht in den Verkehr gebracht werden. Lebensmittel, die abgetötete gv-Mikroorganismen enthalten, bedürfen einer gentechnik-rechtlichen Zulassung.
In geschlossenen Systemen werden gentechnisch veränderte Mikroorganismen zu Gewinnung von Enzymen, Zusatzstoffen, Aromen, Vitaminen usw. eingesetzt (https://www.biotech-enzymes.com).